坂東です。

MacのFTPツールといえばCyberduckですね。寄付していますか？

突然、特定サーバーへのSFTP接続ができなくなってハマったので共有します。

サーバー側はSSHで秘密鍵認証、Cyberduckの設定は「SFTPプロコトル」「SSH Private Keyあり」、な接続先をいくつか持っています。
このうちの一つが突然アクセス不能になりました。
サーバー側でなにか作業したことも、CyberduckやOSXアップデートなどもありません。

いつもなら接続先をダブルクリックしたらスッとつながるんですが、なぜかログインユーザーのダイアログが表示されパスワードか秘密鍵の指定を要求されます。
鍵認証なのでパスワードは空で、秘密鍵を指定しても繋がりません。該当接続先を消して作り直しても繋がりません。
他の接続先には問題なく繋がります。それは消して作り直しても繋がり、鍵のパスフレーズの入力とログインまで行きました。

いちおうCyberduckを再インストールや旧バージョンに戻したりしましたが、状況は変わりません。
あとターミナルのsshでは問題なく繋がりましたので、.ssh のconfigや鍵のせいではなく Cyberduckの問題でしょう。

ふと、Cyberduckの「環境設定」 -「一般」をみると「キーチェーンを使用」という項目がありました。
鍵のパスフレーズは独自に管理してるんじゃないんだ、と。
ユーティリティのキーチェーンアクセスを開き、「パスワード」を選びサーバー名で検索すると「種類：アプリケーションパスワード」というものが見つかりました。変更日はえらく古い。
これを消すと、Cyberduck側でつながるようになりました。

キーチェーンがなんらかの拍子に壊れたんでしょうね。

おわり。