坂東です。

ガワネイティブ＝Webベースのハイブリッドアプリでは、ネイティブ側はフレームワークの学習が面倒なので自分で実装しています。
どうせたいしたコード量ないですし、バックグラウンドやらGPSやらを細かく制御するなら自分でやるのが一番。

で、iOSとAndroidでWebViewの違いで私がハマったことを書きます。

1. iOSとAndroidで表示やjavascriptの挙動が違う
   標準のWebViewを捨て、iOSはWKWebView、AndroidはCROSS WALKライブラリを使う！
   これで挙動は安定します。
   特にAndroid。lolipop(5.0)以降のWebViewはChromeぽくてマトモなのですが、それ以前が大変。
   2系やキャリアのブラウザは捨てたとしても、4.0、4.0.3、4.2、4.4.3、5.0と細かい調整が必要。
   CrossWalkなら解決、だだWebViewをアプリに内蔵するのでapkのサイズが30MBぐらい増えます
   iOSでもCrossWalk使うとより完璧だと思います。
2. iOSはCookieを保存してくれない
   アプリが終了するとCookieが消えるので永続化する必要があります。以下を参考に。
   UIWebViewなどで使うクッキーを再起動しても維持する方法
3. Androidは input type=’file’ がめんどくさい
   iOSだと普通にカメラかギャラリーが開くんですが、Androidはなにも反応しません。
   標準のWebViewはもう嫌になるぐらい面倒なんですけれど、CrossWalkなら楽勝です。
   Android4.4のWebViewでopenFileChooserが動かない件の対処方法２つ
4. iOSは onUnload でアニメーションが止まる
   jQueryなどで何かアニメーション処理中に、aタグなどタップして画面遷移始まるとアニメが止まります。
   実用上は問題ないんですけれど、タップでボタンが光る処理やったときにiOSでキモかったです。
   対策はアニメが終わってからaタグのイベント叩くなど泥臭い実装になると思います。

よろしくお願い致します。