坂東です。

開発機はさくらクラウド 1core 3GB ぐらいのサーバーに５プロジェクトぐらいを詰め込んで使っています。

Node.js&Socket.ioを使っているプロジェクトがA、Bと２つありまして。
AのURLは wss:devserver.xxx:3001
BのURLは wss:devserver.xxx:3002
とプロセスとポートを分けて立ち上げていたんです。

たまに、Aに接続したクライアントから emit したものがBのクライアントにも届くという不思議現象がおこっていました。
どうやら、chat.to( ROOM ).emit() の ROOM が被ったときにおこるもよう。

プロセス違うのに共有されるの？と思ったら、
socket.io-redis でプロセスを増やしてスケールアウトするという素晴らしい機能があったんですね。
http://qiita.com/n0bisuke/items/c248af316ca3f27daf92

Redisは共有していたのでこれの影響だわと思い。
プロジェクトごとにredisのプロセスも分けることで対応できました。

おわり。