坂東です。

開発環境をVagrantで構築していて、謎のフリーズに悩まされていました。
共有フォルダの高速化のためにnfs接続をして、

config.vm.synced_folder "~/hoge", "/share", :nfs => true

しばらく使ってると仮想マシンがフリーズして、vagrant halt することに。
あとファイルシステムがおかしくなったりもする。

仮想マシンのファイルシステムがおかしくなってRailsがおかしくなった話

でもこれがあるとき解消したんです。
きっかけはboxを変えたこと。

-  config.vm.box = "centos64-x86_64-20140116"
+  config.vm.box = "centos/7"

“centos64-x86_64-20140116″のbox自体にバグがあって、もしくはVirtualBoxやOSとの相性とか、そういうものでフリーズしていたんでしょう。
VirtualBoxは5.1.32、OSはOSX High Sierraです。

もし同様の現象で悩んでいる方はbox変更を試す価値ありです。
かなりの解説ページで書かれているので使っている人は多いはず。

おわり。